Η Νεογνολογική Κλινική ΕΚΠΑ δημιουργήθηκε ως ανεξάρτητη Κλινική το 2014 με ΠΔ/γμα έγκρισης τροποποίησης του οργανισμού των Πανεπιστημιακών Νοσοκομείων Αιγινητείου και Αρεταιείου (ΦΕΚ 446/24-2-2014), που κυρώθηκε με το υπ’αρ 423/3-10-1991 ΠΔ/γμα (ΦΕΚ 154/4).
Μέχρι τότε υπήρχε ως Τμήμα Νεογεννήτων με Διευθυντή τον εκάστοτε Διευθυντή της Β’ Μαιευτικής-Γυναικολογικής Κλινικής ΕΚΠΑ.

Από την δημιουργία της μέχρι 31/8/2016 Διευθύντρια της Νεογνολογικής Κλινικής ήταν η Καθηγήτρια Παιδιατρικής – Νεογνολογίας ΕΚΠΑ Α. Μαλαμίτση – Πούχνερ.
Από 1/9/2016 την Νεογνολογική Κλινική διευθύνει η Αναπληρώτρια Καθηγήτρια Παιδιατρικής – Νεογνολογίας Νικολέττα Μ. Ιακωβίδου.

Το λογότυπο της Νεογνολογικής Κλινικής ΕΚΠΑ του Αρεταιείου Νοσοκομείου φιλοτεχνήθηκε ευγενώς από τον Κύπριο ζωγράφο κον Ανδρέα Χαραλαμπίδη, τον οποίον ευχαριστούμε θερμά.